愛沙尼亞語有9個元音和16個輔音，其中4個輔音只用于外來語。元音和輔音各有三階音長（短、長、特長），有輔音交替現(xiàn)象，但并不要求元音和諧。主要重音落在詞的第一個音節(jié)上。愛沙尼亞語是有詞尾變化的粘著型語言（黏著語）。語法方面有數(shù)和格的變化，沒有性的區(qū)別。動詞有變位和不變位形式。詞與詞之間的句法關(guān)系主要由一些詞的語法形態(tài)和虛詞表示。前置詞數(shù)量少，后置詞則廣泛使用。句中詞序比較自由。詞匯中有愛沙尼亞語詞和芬蘭語詞，有許多來自德語、俄語和拉脫維亞語的借詞。